Les différents organes du Centre sont :
- Le Conseil d’Administration
- La Direction
- Le Conseil de Gestion
- Le Conseil pédagogique
Le Centre est placé sous l’autorité d’un Directeur qui est chargé de la gestion de l’administration intérieure et de la discipline dans le Centre.
Monsieur Demba DIOP assure la fonction de Directeur du Centre d’Initiation et de Perfectionnement dans les métiers de l’Agriculture (CIPA) de Saint Louis depuis 2012